A utilização de marcadores com base em DNA cloroplastidial (cpDNA) vem auxiliando no entendimento de questões relacionadas à ecologia, evolução e estrutura genética. O conhecimento da estrutura genética inter e intrapopulacional permite delinear efetivamente estratégias de conservação e manejo de espécies arbóreas tropicais. Com a finalidade de subsidiar estratégias para conservação de Hymenaea stigonocarpa no Cerrado do Estado de São Paulo, foi analisada a estrutura genética espacial (EGE) em duas populações, utilizando cinco locos microssatélites cloroplastidiais (cpSSR) universais. A população de 68 indivíduos de H. stigonocarpa na Estação Ecológica de Itirapina (EEI) apresentou um único haplótipo, indicando um forte efeito fundador. Por sua vez, a população de 47 indivíduos de H. stigonocarpa em área contígua composta pela Estação Ecológica de Assis e Floresta Estadual de Assis (EEA/FEA), apresentou seis haplótipos (nh = 6) com uma diversidade haplotípica (h = 0,667±0,094) moderada, demonstrando que a mesma foi fundada por um pequeno número de linhagens maternas. A análise da EGE utilizando o índice I de Moran na população EEA/FEA, indicou uma dispersão restrita de sementes. Para fins de conservação ex situ, considerando a EGE, a coleta de sementes na população EEA/FEA deverá obedecer a uma distância mínima de 750 m entre árvores matrizes.
The use of chloroplast DNA markers (cpDNA) helps to elucidate questions related to ecology, evolution and genetic structure. The knowledge of inter-and intra-population genetic structure allows to design effective conservation and management strategies for tropical tree species. With the aim to help the conservation of Hymenaea stigonocarpa of the Cerrado (Brazilian savanna) in São Paulo State, an analysis of the spatial genetic structure (SGS) was conducted in two populations using five universal chloroplast microsatellite loci (cpSSR). The population of 68 trees of H. stigonocarpa in the Ecological Station of Itirapina (ESI) had a single haplotype, indicating a strong founder effect. In turn, the population of 47 trees of H. stigonocarpa in a contiguous area that includes the Ecological Station of Assis and the Assis State Forest (ESA), showed six haplotypes (nh = 6) with a moderate haplotype diversity (h = 0667 ± 0094), revealing that it was founded by a small number of maternal lineages. The SGS analysis for the population ESA/ASF, using Moran´s I index, indicated limited seed dispersal. Considering SGS, for ex situ conservation strategies in the population ESA/ASF, seed harvesting should require a minimum distance of 750 m among seed-trees.