Seis locos microssatélites foram usados para quantificar o sistema de reprodução em árvores de duas pequenas populações fragmentadas (Selvíria - SEL e Aparecida do Tabuado – APT, Mato Grosso do Sul) e em árvores isoladas em pastagens por pelo menos 500 m entre si da espécie arbórea polinizada por morcegos, Hymenaea stigonocarpa, na região centro-oeste do Brasil. Foram coletadas sementes em 11 árvores na população SEL, três na APT e em seis árvores isoladas em pastagens. Para verificar a existência de diferenças no sistema de reprodução entre árvores ocorrentes nas populações e isoladas, agruparam-se as árvores das populações e as isoladas em dois diferentes grupos. A taxa de cruzamento multiloco foi maior nas populações (tm=0,873) do que nas árvores isoladas (tm=0,857), mas a diferença não foi significativa. As diferenças entre a taxa de cruzamento multiloco e uniloco foram altas e significativamente diferentes de zero, tanto nas populações (tm-ts=0,301, P<0,05) como nas árvores isoladas (tm-ts=0,276, P<0,05), sugerindo cruzamentos entre árvores aparentadas. Maior correlação de paternidade foi observada nas sementes coletadas das populações (rp=0,636) do que nas árvores isoladas (rp=0,377), indicando cruzamentos correlacionados e que parte das progênies são irmãos-completos. Não foi detectado aumento de autofecundação em árvores isoladas em pastagens. De modo geral, a única diferença significativa observada no sistema de reprodução entre as populações e das árvores isoladas foi a maior proporção de cruzamentos correlacionados nas populações, devido provavelmente à menor distância entre coespecíficos e ao comportamento dos polinizadores visitando sistematicamente árvores próximas.
Six microsatellite loci were used to quantify the mating system of two small fragmented populations (Selvíria - SEL and Aparecida do Tabuado – APT, Mato Grosso do Sul State) and isolated trees in pastures, of the bat-pollinated tropical tree Hymenaea stignocarpa, growing in the Center-west region of Brazil. In SEL population, seeds were collected from 11 mother-trees; in APT, from three trees and, in the case of isolated trees, from six individuals growing at least 500 m apart in pastures. To investigate if there are differences on mating system between trees in populations and isolated trees, trees from populations were pooled as a group and, likewise, the isolated trees were pooled to another group. The outcrossing rate was higher in the populations (tm=0.873) than in isolated trees (tm=0.857), but the difference was not significant. Significant and high differences between multi-locus and single-locus outcrossing rate were detected in populations (tm-ts=0.301, P<0.05) and isolated trees (tm-ts=0.276, P<0.05), suggesting mating between relatives. Higher paternity correlation was observed in trees from population (rp=0.636) than in isolated trees (rp=0.377), indicating the occurrence of some correlated matings and that part of offspring are full-sibs. It was not observed increased in self-fertilization rate in isolated trees in pastures. In general terms, the unique observed difference in mating system between populations and isolate trees was the high rate of correlated matings in trees from populations, due probably to the small distance among coespecifics and the pollinator behavior, visiting near trees.