Cenostigma tocantinum Ducke é uma espécie arbórea, arbustiva, nativa do Brasil. Sua madeira é utilizada na construção civil e a árvore em projetos de arborização. Este estudo objetivou avaliar a diversidade genética entre e dentro de populações de C. tocantinum usadas em projetos de arborização urbana, por meio de marcadores AFLP. Foram amostradas 90 plantas em três populações de cidades do estado do Amazonas: Manaus, Parintins e Presidente Figueiredo. Os marcadores AFLP foram eficientes na diferenciação genética das populações, revelando 186 locos, 132 (71%) polimórficos, a partir de quatro combinações de oligonucleotídeos. O teste de Mantel indicou que a distância geográfica está correlacionada com a divergência genética entre as populações (r: 0,5034; P=0,001), o que pode ter sido influenciado pelo fluxo gênico observado. O dendrograma e a análise bayesiana de agrupamento permitiram a identificação de maior similaridade genética entre as populações de Manaus e Parintins. Contudo, a maior parte da diversidade genética ocorre dentro das populações. As variações inter e intrapopulacionais foram de 36,6% e 63,4%, respectivamente. Para espécies arbóreas, como C. tocantinum, usadas em projetos de arborização urbana, a introdução de plantas em novos projetos, oriundas de amostragem adequada em outras populações, auxilia na conservação genética da espécie.
C. tocantinum (Caesalpinoideae) is an arboreal and shrubby species, native to Brazil and its wood is used in building and the trees are used in afforestation projects. This study aimed to evaluate genetic diversity among and within C. tocantinum populations used in afforestation projects by AFLP markers. Ninety plants were sampled in three populations in cities of the state of Amazonas: Manaus, Parintins and Presidente Figueiredo. The AFLP markers were efficient for the genetic differentiation of populations, revealing 186 loci, 132 (71%) being polymorphic, from four combinations of primers. The mantel test indicated that geographical distance is correlated with the genetic differentiation among populations (r: 0.5034, P = 0.001), which may have been influenced by gene flow. The clustering and Bayesian cluster analysis permitted the identification of genetic similarity between the populations of Manaus and Parintins. However, most genetic diversity occurs within populations. The inter- and intra-population variations were 36.6% and 63.4%, respectively. For an arboreal species, such as C. tocantinum, used in urban afforestation projects, the introduction of plants into news projects coming from appropriate sampling in other populations assists in the genetic conservation of the species.